无望，投降还能捡回一条小命，便都乖乖缴了武器。
得知台中海匪投降的消息之后，台南的那四千海匪也投降了。虽然他们短期内并不缺粮，弹药也充足，但已成孤军，士气极为低迷。眼下流求大军自台北、台南步步逼近，海上退路也被切断，迟早也会弹尽粮绝。更重要的是孙胜夫乘机溜走了。这孙胜夫是个老狐狸，他在退往内陆之时，悄悄在海边密森中藏了几条小船，眼见情况不妙，便率了部分心腹脚底抹油。
至此，历时三个月的流求战役结束。上岛的一万五千海匪被全歼，除了病死战死和逃入丛林的几百人外，其余皆被俘。加上被俘的海匪水手，二万海匪共有一万三千人做了俘虏，只有一千余人逃了回去。这些逃回去的，大都是驾驶轻快小船和来往于泉州与澎湖运输的海匪。前者逃跑极快，后者则是闻风即遁。除此之外，流求还缴获了大量的粮草武器。最有价值的还是两百余门铜火炮和六百余艘各型船只。